Em 1913 o Padre Cônego Pedro Wagner, filho de imigrantes alemães, assumiu a paróquia Nossa Senhora dos Anjos e por mais de 50 anos concedeu diretrizes religiosas, sociais e políticas para todo o município que somava à época mais de 2 mil quilômetros quadrados, o que hoje corresponde aos municípios de Gravataí, Canoas, Cachoeirinha e Glorinha.
O padre Pedro enfatizava, dentro do espírito da Restauração Católica, as atividades pastorais como a catequese, a criação de associações religiosas, com ênfase no Apostolado da Oração, um dos primeiros movimentos religiosos liderados pelas mulheres e criado pela Igreja em 1898. Investiu nos movimentos da Ação Católica e alterou a Festa do Divino Espírito Santo, destituindo definitivamente o termo Imperador e criando uma comissão para a festa constituída. Surgem as Comunidades Eclesiais de Base, os movimentos para jovens e casais: Emaús, Cursilho da Cristandade, CLJ, Equipes de Nossa Senhora.
No dia 4 de novembro de 1932, foi realizada uma festa para o assentamento da pedra fundamental da Capela Nossa Senhora da Boa Viagem, junto à ponte. O casal Carlos e Olivia Wilkens organizava quermesses com apoio de Lídio Batista Soares para a construção e manutenção da igreja. Eram festas animadas com leilões e tendas com alimentos. A imagem de Nossa Senhora dos Navegantes foi trazida da igreja Nossa Senhora dos Anjos em Gravataí, numa grandiosa procissão, para a nova capela com a participação dos moradores, comandados pelo padre Pedro Wagner.
O Padre Pedro Wagner rezou uma missa na capela no dia 11 de novembro de 1936 pelas Bodas de Prata do casal Wilkens. Dom João Becker, arcebispo de Porto Alegre, também celebrava anualmente a crisma na capela Boa Viagem.
Até o ano de 1955, a capela pertenceu à Paróquia de Gravataí. O Arcebispo Dom Vicente Scherer determinou a criação da primeira Paróquia do Município, que foi a igreja São Vicente de Paulo. Em 1958 tomou posse como pároco, o Padre Luiz Frederico Geremias, que passou a atender também a capela Nossa Senhora da Boa Viagem que se tornou paróquia e já tem mais de 80 anos.